期刊論文

• Hsiu-Yun Wang “Competing with the Colonial Scalpel: ‘Peaceful Atoms’ in Cold War Taiwan,” Medical History, Cambridge University Press, forthcoming.

• 王秀雲、姚維仁， 〈戰後台灣、醫院與宣教護士: 以嘉義基督教醫院為例〉，《近代中國婦女史研究》，42(2023.12): 119-183.

• Hsiu-Yun Wang, “The Making of the ‘Useless and Pathological’ Uterus in Taiwan, 1960s-1990s,” Medical History, 65 (2021): 46-69.

• 王秀雲，〈「不男不女」：台灣「長髮」男性的治理及性別政治，1960s－1970s〉，《台灣社會研究季刊》，112(2019): 99-146.

• Hsiu-Yun Wang, "Postcolonial Knowledge from Empires: The Beginnings of Menstrual Education in Taiwan, 1950s–1980s," East Asian Science, Technology and Society: An International Journal, 11.4(2017):1-22.

• 王秀雲，〈從意外到等待：台灣女性的初經經驗, 1950s-2000〉《女學學誌》，39(2016): 111-163[TSSCI].

• Hsiu-Yun Wang, Joel F. Stocker, Daiwie Fu, “New Concepts of Science and Medicine in Science and Technology Studies: Their Relevance to Science Education,” Kaohsiung Journal of Medical Sciences, 28(2012.1): S2-S7.

• Hsiu-Yun Wang, Joel F. Stocker, “Women Scientists in Taiwan: An Update,” Kaohsiung Journal of Medical Sciences, 26.6 Suppl. (2010): S35-S40.

• 吳諾瑋、王秀雲、蔡美慧，〈“病理檢查證實是惡性腫瘤！”：從癌友確診敘述看台灣醫療人員顯要性與個人性之消失〉《人文社會與醫療學刊》5(2018): 79-114.

• 王秀雲，〈太太醫學：台灣婦女醫學寶鑑初探〉《台灣社會研究季刊》，76(2009): 91-149.

• 王秀雲， 〈不就男醫：清末民初的傳道醫學中的性別身體政治〉《中央研究院近代史研究所集刊》，59(2008): 29-66。

• 蔡苓雅、王秀雲，〈從觸診到「以管窺天」：腹腔鏡與子宮內膜異位症的興起，1950s-2000s〉，《科技、醫療與社會》，2010.4 (10): 74-128。

• 王秀雲〈有關西方女傳教士與中國的幾個歷史問題：從文獻談起〉，《近代中國婦女史研究》，8 (2000): 237-252。

研究回顧

Hsiu-Yun Wang "A Quarter Century of Encounters with Evelyn Fox Keller," East Asian Science, Technology, and Society, 11.3(2017): 437-440.

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專書章節

王秀雲，〈迎頭趕上：臺灣核子科學史中的國家、科學家與社會，1950s-1970s〉，收入於趙相科主編《延續、斷裂與重生：戰後台灣史論述》，國立清華大學出版社。（出版中）

Hsiu-Yun Wang, “Women’s Health,” Encyclopedia of Taiwan Studies, Brill, 2024.

吳怡靜、王秀雲*（2019）〈性別、勞動身體與國家： 台灣商展小姐，1950s-1960s〉收入張晉芬、陳美華主編，《工作的身體性》，新北：巨流出版社。

王秀雲（2018）〈疾病與「天生如此」的戰場：近代醫療科學史中的同性戀〉收入於陳美華、王秀雲、黃于玲主編，《欲望性公民：同性親密公民權讀本》，新北：巨流出版社。

王秀雲（2017.9）〈婦女健康運動〉收入於王秀紅總校閱《婦女健康》，台中：華格納出版社。

王秀雲、盧孳豔、吳嘉苓合著〈性別與健康〉收入《2014婦女處境白皮書》，台北：女書店，2014。

王秀雲，〈子宮切除的歷史──醫療知識、性別、與女人的經驗〉收入盧孳豔、蔣欣欣、林宜平主編《護理與社會：跨界的對話與創新》台北：群學出版社，2012年2月。

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​專書編輯

王秀雲主編、劉愷云翻譯《Discovering Medical Tainan》。STM中心，2022年12月

王秀雲、李宛儒主編《前瞻工具箱: 理論、方法與實踐》。2022年8月。

林文源、郭文華、王秀雲、楊谷洋編《跟著關鍵物去旅行》。新竹:陽明交通大學，2022年4月。

翁慧卿、王秀雲主編《蔚然成風: 國立成功大學醫學院38年回顧與展望》。台南:國立成功大學醫學院，2021年11月。

王秀雲主編《發現醫學台南》。台南: 成大出版社，2018年11月。

王秀雲主編《性別與社會》。台南：成大出版社，2016年12月。

陳美華、王秀雲、黃于玲主編《欲望性公民：同性親密公民權》。新北：巨流出版社，2018年。

7. 王文基、王秀雲、郭文華主編《意外多重奏：STS如何重組真相》。台北，行人出版社，2012。

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學術書評與史料研讀 

TJ Hinrichs and Linda L. Barnes, eds. Chinese Medicine and Healing: An Illustrated History. Cambridge, The Belknap Press of Harvard University Press, 2013. Journal of the History of Medicine and Allied Sciences (SCI) (March, 2014)

陳何女士助產學筆記解讀班，《陳何女士助產學筆記》（臺灣史料叢刊17），台北: 中央研究院臺灣史研究所、財團法人大眾教育基金會，2015。